雖然泰雅族在過去有自己的信仰，但今天司馬庫斯主要的信仰是基督教。司馬庫斯教會是當地最重要的組織，屬於台灣基督長老教會泰雅爾中會。根據一九九九年司馬庫斯教會公報，一九四八年司馬庫斯族人余國進參加抬耀部落的聚會，從葉廷昌牧師手中接過以日文寫成的約翰福音手冊並帶回司馬庫斯，使司馬庫斯人開始接觸基督教。後來西方的傳教士和外地來的牧師都曾為司馬庫斯教會貢獻心力。
初期的教會建築較為簡單，曾受雷擊而損壞，族人在兩星期內重建了新的教堂。在部落生活逐漸改善之後，族人即開始著手興建新的教堂，並在一九九九年一月廿九日舉行獻堂，當日來自各地的教友聚集於此地，共同慶祝教堂的落成。
歷任牧師：
．第一任：Hayung Botu（黃文明）牧師
．第二任：Tali Behuy（林金榮）牧師
．傳道：Noray 傳道師
．現任駐堂牧師：Yabu Syat（李福全）曾任台灣基督長教會總會議長牧師
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| 興建中的教堂 | 今日教會外觀 |
